В 1859г. Балаклавский греческий батальон был расформирован. Пять лет спустя общее количество греков,
В 1859г. Балаклавский греческий батальон был расформирован. Пять лет спустя общее количество греков, которые проживали в Балаклаве и окрестностях, составляло 2 тыс. человек обоих полов.
Когда греческое население Крыма в основной его массе было переселено в Азовскую губернию, часть семей православных крымских христиан осталась на полуострове. Согласно данным крымского исследователя М.А.Араджиони, в конце ХVIII ст. греческое население Крыма засвидетельствовано в 18 населённых пунктах, среди которых города – Балаклава, Севастополь, Бахчисарай, Карасубазар, Симферополь, Феодосия, Керчь, Евпатория, Перекоп, сёла – Кадикой, Карань, Камара, Алсу, Кермечик, Лаки, Аутка, крепость Еникале. Всего насчитывалось более 3 тыс. человек. В 1795г. из Приазовья в своё родное село Аутка (ныне слилось с Ялтой) вернулось 96 греков. Несколько семей вернулись в с. Камары и с. Карань. Известны случаи и других возвращений приазовских греков в Крым. Были случаи возвращения в Крым за оставленным имуществом, а также с целью подтверждения своих прав на торговые магазины.
Симферополь, основанный в 1784г. , был центром Таврийской губернии. С середины ХIХ ст. здесь находилась кафедра Таврийского архиепископа, архиерейский двор с Духовной консисторией, кафедральный собор, несколько монастырей. При учебных заведениях было открыто несколько церквей: Николаевская – при Духовном мужском училище, Покровская – при Епархиальном женском училище, Мариинская – в женской гимназии, а также церкви при сиротских приютах. Первую греческую церковь в Симферополе построили в 1796г. по просьбе Симферопольского греческого общества и освятили во имя Святой Троицы. В церкви служило шесть священников. В 1801г. среди парафиян церкви из этнических греков было 125 мужчин и 95 женщин, в 1888г. их количество увеличилось соответственно до 543 и 615. В 1860 г. храм Святой Троицы стал главным храмом епархии. При нём была открыта школа, где обучалось 120 учеников. Греческая община помогала её содержать.
На юге Крыма, в районе Ялты, находились церкви Димитрия Солунского, Параскеви, Ефимия Великого и Кирияки, великомученика Фёдора Тирона. Последняя церковь была построена греками, которые вернулись в Крым в 1790г. после переселения в Мариуполь.
Греческая церковь Успения Св. Богородицы в с.Аутка была построена в 1863г. Богослужение осуществлялось на греческом и русском языках, поскольку парафиянами были и русские, и греки. Церковь имела богатую церковную утварь, значительную коллекцию книг и Евангелия на русском и греческом языках. При церкви было здание, где находилось училище, в котором обучалось 32 ученика из греческих семей. Училище и учитель содержались на средства греческой общины. Российская императорская семья неоднократно посещала греческую церковь в с.Аутка. Присутствие членов императорской семьи на богослужении указывало на особо уважительное отношение к греческой церкви и грекам.
В 1890г. Греческое общество было открыто в Севастополе при церкви Св. Троицы. Здесь также при содействии руководителя общины Николаоса Грипариса была открыта школа. Частное греческое училище, открытое в Евпатории в 1897г. , также содержалось на средства местного греческого благотворительного общества.
Греки, профессиональные военные и герои трёх русско-турецких войн, поселившись в России, стали фермерами и торговцами, внесли значительный вклад в социально-экономическое и культурное развитие Причерноморского региона.